Лаборатории

Приглашенный ученый Чудаков Дмитрий Михайлович Россия

Номер договора

14.W03.31.0005

Период реализации проекта

2017-2021

Сайт лаборатории

По данным на 15.02.2021

Количество специалистов

научных публикаций

Объектов интеллектуальной собственности

В 2017 году в рамках реализации Постановления Правительства Российской Федерации №220 в Нижегородской государственной медицинской академии была создана лаборатория геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета. Главным направлением работы лаборатории является иммунотерапия. Суть исследования заключается в создании возможности выявления индивидуального состояния злокачественных опухолей по наличию в них Т-лимфоцитов, участвующих в подавлении новообразований. В перспективе возможен отказ от химиотерапии и применение веществ, активирующих иммунитет для пациентов, у которых есть иммунный ответ.

Название проекта: Клональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как прогностический и предиктивный маркер при лечении онкологических заболеваний

Приоритет СНТР: в

Направления исследований:

Влияние иммунотерапии ингибиторами контрольных точек на клональный состав функциональных субпопуляций Т-лимфоцитов (на мышиных моделях и клинических образцах)

Судьба опухоль-специфичных Т-лимфоцитов в развитии заболевания и при ответе на иммунотерапию (на мышиных моделях)

Старение адаптивного иммунитета, рак, иммунотерапия (на мышиных моделях)

Клональность CD4+, CD4+Treg, CD8+, и CD8+PD1+ Т-лимфоцитов в опухоли и периферической крови как прогностический фактор при раке толстого кишечника (на клинических образцах)

Цель проекта: Установление роли клонального состава функциональных субпопуляций опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов при онкологических заболеваниях и оценке его информативности как фактора прогноза и как маркера потенциальной чувствительности опухоли к различным видам иммунотерапии

Научные результаты:

Проведено исследование клональной структуры репертуаров опухоль-инфильтрирующих Т- и B-лимфоцитов при кожной меланоме человека. Впервые показано, что выраженное присутствие в опухоли – в составе третичных лимфоидных структур, либо в метастазированных лимфоузлах - клональных, гипермутирующих популяций B-лимфоцитов и IgG1-продуцирующих плазматических клеток, ассоциируется со значительно более благоприятным прогнозом. Та же закономерность прослеживается для непапиллярного рака мочевого пузыря, а также аденокарциноме легкого. Ведется активная работа в этом направлении.
Впервые разработан подход к анализу репертуаров опухоль-инфильтрирующих Т лимфоцитов по свободной ДНК плазмы крови.
Разработан новый подход к анализу сортируемых субпопуляций опухоль-инфильтрирующих лимфоцитов, совмещающий получение информативных репертуаров иммунных рецепторов и транскриптомного профиля.
На мышиной модели меланомы, показано кластерное расположение клональных популяций Т-лимфоцитов в опухоли. Показана зависимость ответа на терапию антителами к PD1 от появления клональных экспансий CD4 и CD8 Т лимфоцитов, и продолжительного сохранения повышенной клональности репертуара с течением времени. Показана преимущественная активация CD4 Т-лимфоцитов в ответ на терапию блокирующими антителами к CTLA-4, активация CD4 и CD8 Т-лимфоцитов в ответ на терапию блокирующими антителами к PD1, активация CD8, CD4, Treg и B-лимфоцитов при терапии агонистическими антителами к OX40.

Образование и переподготовка кадров:

Защищено 5 кандидатских диссертаций.
На базе лаборатории ведется подготовка 2х кандидатских диссертаций аспирантов.
Разработан и внедрен спецкурс «Иммунология» для аспирантов ПИМУ по направлениям подготовки: 30.06.01 Фундаментальная медицина, 06.06.01 Биологические науки.
Сотрудниками лаборатории проводятся лекции для студентов на Школе молодых ученых при НИИ экспериментальной онкологии и биомедицинских технологий ПИМУ.

Другие результаты:

Сотрудники лаборатории ежегодно принимают участие с приглашенными докладами в таких международных и всероссийских конференциях, как SPIE Photonics West, Topical problems of biophotonics, FLIM workshops, 17^th Congress of the European Society for Photobiology, Systems Biology of Adaptive Immunity, Antibody Engineering & Therapeutics Europe, Immuno-Oncology, Laser Applications in Life Sciences Conference (LALS 2018), 5^th European Congress of Immunology (ECI 2018), 2^nd International Meeting on: stochasticity and control in adaptive immune repertoires, Lymphocyte antigen receptor signalling, Наука будущего – Наука молодых, V Съезд фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии, IV всероссийская конференция по молекулярной онкологии, X съезд онкологов России). За период 2017–2019 гг. сотрудниками лаборатории сделано 9 приглашенных докладов.

Сотрудничество:

Институт биоорганической химии РАН (Россия): совместные исследования, совместные публикации, научные семинары по обмену опытом, взаимные консультации.
Мемориальный онкологический центр имени Слоуна-Кеттеринга (США), Масариков университет (Чехия): совместные научные мероприятия, совместные публикации, обмен опытом, совместный анализ полученных результатов.
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова (Россия), Нидерландский институт рака (Голландия), Институт иммунологии ФМБА России (Россия): совместные исследования, совместные публикации, научные семинары по обмену опытом, взаимные консультации.

Скрыть Показать полностью

Sharonov G.V., Serebrovskaya E.O., Yuzhakova D.V., Britanova O.V., Chudakov D.M.

Cells, plasma cells and antibody repertoires in the tumour microenvironment. Nature Reviews Immunology. 2020 May; 20(5).

Zhigalova E.A., Izosimova A.I., Yuzhakova D.V., Volchkova L.N., Shagina I.A., Turchaninova M.A., Serebrovskaya E.O., Zagaynova E.V., Chudakov D.M., Sharonov G.V.

RNA-Seq-Based TCR profiling reveals persistently increased intratumoral clonality in responders to Anti-PD-1 therapy. Frontiers in Oncology. 2020 Apr; 10: 385.

Yuzhakova D.V., Volchkova L.N., Pogorelyy M.V., Serebrovskaya E.O., Shagina I.A., Bryushkova E.A., Nakonechnaya T.O., Izosimova A.V., Zavyalova D.S., Karabut M.M., Izraelson M., Samoylenko I.V., Zagainov V.E., Chudakov D.M., Zagaynova E.V., Sharonov G.V.

Measuring Intratumoral Heterogeneity of Immune Repertoires Frontiers in Oncology. 2020 May; 10: 512.

Bolotin D.A., Poslavsky S., Davydov A.N., Frenkel F.E., Fanchi L., Zolotareva O.I., Hemmers S., Putintseva E.V., Obraztsova A.S., Shugay M., Ataullakhanov R.I., Rudensky A.Y., Schumacher T.N., Chudakov D.M.

Antigen receptor repertoire profiling from RNA-seqdata. Nature Biotechnology. 2017 Oct 11; 35(10).

Izraelson M., Nakonechnaya T.O., Moltedo B., Egorov E.S., Kasatskaya S.A., Putintseva E.V., Mamedov I.Z., Staroverov D.B., Shemiakina I.I., Zakharova M.Y., Davydov A.N., Bolotin D.A., Shugay M., Chudakov D.M., Rudensky A.Y., BritanovaO.V.

Comparative analysis of murine T-cell receptor repertoires. Immunology. 2018 Feb; 153(2).

Fan X., Moltedo B., Mendoza A., Davydov A.N., Faire M.B., Mazutis L., Sharma R., Pe'er D., Chudakov D.M., Rudensky A.Y.

CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues. Journal of experimental medicine. 2018 Nov 5; 215(11).

Bolotin D.A., Poslavsky S., Davydov A.N., Chudakov D.M.

Reply to "Evaluation of immune repertoire inference methods from RNA-seq data". Nature biotechnology. 2018 Nov 9; 36(11).

Druzhkova I., Ignatova N., Prodanets N., Kiselev N., Zhukov I., Shirmanova M., Zagainov V., Zagaynova E.

E-Cadherin in Colorectal Cancer: Relation to Chemosensitivity. Clinical colorectal cancer. 2019 Mar; 18(1).

Weber J., de la Rosa J., Grove C.S., Schick M., Rad L., Baranov O., Strong A., Pfaus A., Friedrich M.J., Engleitner T., Lersch R., Öllinger R., Grau M., Menendez I.G., Martella M., Kohlhofer U.,Banerjee R., Turchaninova M.A., Scherger A., Hoffman G.J., Hess J., Kuhn L.B., Ammon T., Kim J.,Schneider G., Unger K., Zimber-Strobl U., Heikenwälder M., Schmidt-Supprian M., Yang F., Saur D.,Liu P., Steiger K., Chudakov D.M., Lenz G., Quintanilla-Martinez L., Keller U., Vassiliou G.,Cadiñanos J., Bradley A., Rad R.

PiggyBac transposon tools for recessive screening identify B-celllymphoma drivers in mice. Nature Communications. 2019 Mar 29; 10(1).

Pogorelyy M.V., Minervina A.A., Shugay M., Chudakov D.M., Lebedev Y.B., Mora T., Walczak A.M.

Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots.PLOS Biology. 2019 Jun 13; 17(6).

Вторник , 23.03.2021

Плюсы и минусы адаптивного иммунитета

Пятница , 01.02.2019

Мегагрант на борьбу с онкологией

Смотреть все

Вторник , 03.12.2019

9 фото

Смотреть все

Лаборатория, принимающая организация	Область наук	Город	Приглашенный ученый	Период реализации проекта
Научно-исследовательская лаборатория «Молекулярная иммунология» Казанский (Приволжский) федеральный университет	Фундаментальная медицина	Казань	Симон Ханс-Уве Швейцария, Германия	2021-2023
Лаборатория молекулярной медицины Институт цитологии Российской академии наук	Фундаментальная медицина	Санкт-Петербург	Пьячентини Мауро Италия	2018-2022
Лаборатория аритмогенеза Национальный медицинский исследовательский центр сердечно-сосудистой хирургии имени А. Н. Бакулева Министерства здравоохранения Российской Федерации	Фундаментальная медицина	Москва	Данилов Сергей Михайлович Россия, США	2014-2018

Научная лаборатория геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета