Мы используем cookie файлы.
Пользуясь сайтом, вы соглашаетесь с нашей Политикой конфиденциальности.

Приглашенный ученый Кондрашов Алексей Симонович Россия
Номер договора
11.G34.31.0008
Период реализации проекта
2010-2014

По данным на 30.01.2020

30
Количество специалистов
82
научных публикаций
Общая информация

Основным направлением исследований, проводимых в лаборатории, является изучение естественного отбора на геномном уровне. Ученые также занимаются многими другими аспектами эволюционной, популяционной, функциональной и медицинской геномики

Название проекта: Филогенетический анализ сложного отбора в молекулярной эволюции

Приоритет СНТР: в



Цели и задачи

Направления исследований: Эволюционная геномика, функциональная геномика, транскриптомика, биоинформатика, секвенирование нового поколения

Цель проекта: Изучение естественного отбора на молекулярном уровне


Практическое значение исследования

  • Обнаружен рекордно высокий уровень генетической изменчивости у Schizophyllum commune, охарактеризованы особенности рекомбинации у этого вида – показано, что кроссинговер происходит в участках с наименьшей дивергенцией, проведена оценка эффективной численности популяции и скорости накопления мутаций (два основных параметра, влияющих на уровень изменчивости).
  • Разработан метод для обнаружения действовавшего в прошлом положительного отбора через действие отрицательного отбора в популяциях ныне живущих организмов.
  • Изучены морские и пресноводные популяции беломорской колюшки, найдены участки генома, отвечающие за адаптацию к пресной воде, проведена оценка силы движущего отбора, направленного на закрепление «пресноводных» аллелей.
  • Охарактеризован геном Genlisea aurea – одного из самых маленьких растительных геномов, показано, что сокращение размера генома происходит преимущественно за счет уменьшения длины межгенных участков.
  • Проведено секвенирование и сборка транскриптомов 60 видов байкальских гаммарусов – уникального эндемичного «пучка видов». Полученные данные послужили основой для филогенетического анализа и позволили выявить гены, подвергнувшиеся положительному отбору в процессе видообразования.

Внедрение результатов исследования:

  • Знание механизмов мутационных процессов в дальнейшем может послужить основой для управления ими, в том числе с помощью с активно разрабатываемых в настоящее время технологий редактирования генома.
  • Выполнена прикладная НИР, связанная с изучением генетических основ возникновения и развития одной из самых распространенных злокачественных опухолей – гепатокарциномы. Сравнивая профили экспрессии генов в норме и в опухоли, можно выявить регуляторы экспрессии (т.е. белки, контролирующих уровень транскрипции многих других генов), участвующие в ее развитии. Такие регуляторы является потенциальной молекулярной мишенью для действия противоопухолевых препаратов.
  • Реализовано 6 грантов и госконтрактов, 5 договоров на выполнение НИР.

Образование и переподготовка кадров:

  • Защиты: 1 докторская диссертация, 5 кандидатских диссертаций, 20 выпускных квалификационных работ бакалавра.
  • Более 50% сотрудников лаборатории – молодые учёные, студенты и аспиранты.

Организационные и инфраструктурные преобразования:

  • Создан один из первых в России прибор для секвенирования «Иллюмина-2000».
  • Создан и успешно эксплуатируется вычислительный кластер «Макарьич», предназначенный для биоинформатических расчетов.
  • Создана комплексная биологическая лаборатория на Беломорской биостанции (ББС) МГУ. Она включает научно-исследовательское судно, конфокальный микроскоп, капиллярный секвенатор, приборы для амплификации ДНК и др.; позволяет проводить на базе ББС весь цикл научно-исследовательской работы – от отлова интересующего организма до секвенирования. Эта лаборатория широко используется для преподавания, научной работы и проведения школ и семинаров.
  • Было закуплено, установлено и введено в эксплуатацию оборудование исследований в области эволюционной и функциональной геномики и смежных областях: высокопроизводительный полногеномный секвенатор HiSeq2000, вычислительный комплекс для обработки геномных данных, капиллярный секвенатор, конфокальный микроскоп и научно-исследовательское судно для работы на Беломорской биологической станции. Оно является существенным дополнением к экспериментальной базе Московского университета и создает новые возможности для научной работы его сотрудников.

Другие результаты:

Члены научного коллектива приняли участие в профильных международных конференциях: конференции общества по изучению молекулярной биологии и эволюции (Society for Molecular Biology and Evolution, SMBE), International Plant & Animal Genome Conference и др.

Сотрудничество:

Университет восточного Теннесси (США), Гарвардский университет (США), Пенсильванский университет (США), Калифорнийский университет (США), Женевский университет (Швейцария), Институт физико-химических исследований (Япония): совместные исследования.

Скрыть Показать полностью
Naumenko S., Logacheva M., Popova N., Klepikova A., Penin A., Bazykin G., Etingova A., Mugue N., Kondrashov A., Yampolsky L.
Transcriptome-based Phylogeny of Endemic Lake Baikal Amphipod Species Flock: Fast Speciation Accompanied by Frequent Episodes of Positive Selection. Molecular Ecology 26(2): 536–553 (2017).
Seplyarskiy V.B., Andrianova M.S., Bazykin G.A.
APOBEC3A⁄B-induced Mutagenesis is Responsible for 20% of Heritable Mutations in the TpCpW Context. Genome Research 27(2): 175–184 (2017).
Seplyarskiy V.B., Logacheva M.D., Penin A.A., Baranova M.A., Leushkin E.V., Demidenko N.V., Klepikova A.V., Kondrashov F.A., Kondrashov A.S., James T.Y.
Crossing-over in a Hypervariable Species Preferentially Occurs in Regions of High Local Similarity. Molecular Biology and Evolution 31(11): 3016–3025 (2014).
Terekhanova N.V., Logacheva M.D., Penin A.A., Neretina T.V., Barmintseva A.E., Bazykin G.A., Kondrashov A.S., Mugue N.S.
Fast Evolution from Precast Bricks: Genomics of Young Freshwater Populations of Threespine Stickleback Gasterosteus Aculeatus. PLoS Genetics 10(10): e1004696 (2014).
Фотоальбомы
Понедельник , 02.12.2019
Другие лаборатории и ученые
Лаборатория, принимающая организация
Область наук
Город
Приглашенный ученый
Период реализации проекта
Лаборатория. Приглашенный ученый Хаяшизаки Йошихиде

Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет"

Биология

Казань

Хаяшизаки Йошихиде

Япония

2021-2023

Лаборатория. Приглашенный ученый Прокопенко Инга Анатольевна

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук

Биология

Уфа

Прокопенко Инга Анатольевна

Великобритания

2021-2023

Лаборатория молекулярной онкобиологии

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Институт биологии гена Российской академии наук»

Биология

Москва

Ронинсон Игорь

США

2018-2022