Мы используем cookie файлы.
Пользуясь сайтом, вы соглашаетесь с нашей Политикой конфиденциальности.

Приглашенный ученый Кондрашов Алексей Симонович США
Номер договора
11.G34.31.0008
Период реализации проекта
2010-2014

По данным на 30.01.2020

30
Количество специалистов
82
научных публикаций
Общая информация

Основным направлением исследований, проводимых в Лаборатории, является изучение естественного отбора на геномном уровне. Ученые также занимаются многими другими аспектами эволюционной, популяционной, функциональной и медицинской геномики

Название проекта: Филогенетический анализ сложного отбора в молекулярной эволюции

Приоритет СНТР: в



Цели и задачи

Направления исследований: Эволюционная геномика, функциональная геномика, транскриптомика, биоинформатика, секвенирование нового поколения

Цель проекта: Изучение естественного отбора на молекулярном уровне


Практическое значение исследования

  • Обнаружен рекордно высокий уровень генетической изменчивости у Schizophyllum commune, охарактеризованы особенности рекомбинации у этого вида – показано, что кроссинговер происходит в участках с наименьшей дивергенцией, проведена оценка эффективной численности популяции и скорости накопления мутаций (два основных параметра, влияющих на уровень изменчивости).
  • Разработан метод для обнаружения действовавшего в прошлом положительного отбора через действие отрицательного отбора в популяциях ныне живущих организмов.
  • Изучены морские и пресноводные популяции беломорской колюшки, найдены участки генома, отвечающие за адаптацию к пресной воде, проведена оценка силы движущего отбора, направленного на закрепление «пресноводных» аллелей.
  • Охарактеризован геном Genlisea aurea – одного из самых маленьких растительных геномов, показано, что сокращение размера генома происходит преимущественно за счет уменьшения длины межгенных участков.
  • Проведено секвенирование и сборка транскриптомов 60 видов байкальских гаммарусов – уникального эндемичного «пучка видов». Полученные данные послужили основой для филогенетического анализа и позволили выявить гены, подвергнувшиеся положительному отбору в процессе видообразования.

Внедрение результатов исследования:

  • Знание механизмов мутационных процессов в дальнейшем может послужить основой для управления ими, в том числе с помощью с активно разрабатываемых в настоящее время технологий редактирования генома.
  • Выполнена прикладная НИР, связанная с изучением генетических основ возникновения и развития одной из самых распространенных злокачественных опухолей – гепатокарциномы. Сравнивая профили экспрессии генов в норме и в опухоли, можно выявить регуляторы экспрессии (т.е. белки, контролирующих уровень транскрипции многих других генов), участвующие в ее развитии. Такие регуляторы является потенциальной молекулярной мишенью для действия противоопухолевых препаратов.
  • Реализовано 6 грантов и госконтрактов, 5 договоров на выполнение НИР.

Образование и переподготовка кадров:

- Защиты: 1 докторская диссертация, 5 кандидатских диссертаций, 20 выпускных квалификационных работ бакалавра.

- Более 50% сотрудников лаборатории – молодые учёные, студенты и аспиранты.

Организационные и инфраструктурные преобразования:

- Создан один из первых в России прибор для секвенирования «Иллюмина-2000».

- Создан и успешно эксплуатируется вычислительный кластер «Макарьич», предназначенный для биоинформатических расчетов.

- Создана комплексная биологическая лаборатория на Беломорской биостанции (ББС) МГУ. Она включает научно-исследовательское судно, конфокальный микроскоп, капиллярный секвенатор, приборы для амплификации ДНК и др.; позволяет проводить на базе ББС весь цикл научно-исследовательской работы – от отлова интересующего организма до секвенирования. Эта лаборатория широко используется для преподавания, научной работы и проведения школ и семинаров.

- Было закуплено, установлено и введено в эксплуатацию оборудование исследований в области эволюционной и функциональной геномики и смежных областях: высокопроизводительный полногеномный секвенатор HiSeq2000, вычислительный комплекс для обработки геномных данных, капиллярный секвенатор, конфокальный микроскоп и научно-исследовательское судно для работы на Беломорской биологической станции. Оно является существенным дополнением к экспериментальной базе Московского университета и создает новые возможности для научной работы его сотрудников.

Другие результаты:

- Члены научного коллектива приняли участие в профильных международных конференциях: конференции общества по изучению молекулярной биологии и эволюции (Society for Molecular Biology and Evolution, SMBE), International Plant & Animal Genome Conference и др.

Сотрудничество:

- Университет восточного Теннесси (США), Гарвардский университет (США), Пенсильванский университет (США), Калифорнийский университет (США), Женевский университет (Швейцария), Институт физико-химических исследований (Япония): совместные исследования

Скрыть Показать полностью
Naumenko S., Logacheva M., Popova N., Klepikova A., Penin A., Bazykin G., Etingova A., Mugue N., Kondrashov A., Yampolsky L.
Transcriptome-based Phylogeny of Endemic Lake Baikal Amphipod Species Flock: Fast Speciation Accompanied by Frequent Episodes of Positive Selection. Molecular Ecology 26(2): 536–553 (2017).
Seplyarskiy V.B., Andrianova M.S., Bazykin G.A.
APOBEC3A⁄B-induced Mutagenesis is Responsible for 20% of Heritable Mutations in the TpCpW Context. Genome Research 27(2): 175–184 (2017).
Seplyarskiy V.B., Logacheva M.D., Penin A.A., Baranova M.A., Leushkin E.V., Demidenko N.V., Klepikova A.V., Kondrashov F.A., Kondrashov A.S., James T.Y.
Crossing-over in a Hypervariable Species Preferentially Occurs in Regions of High Local Similarity. Molecular Biology and Evolution 31(11): 3016–3025 (2014).
Terekhanova N.V., Logacheva M.D., Penin A.A., Neretina T.V., Barmintseva A.E., Bazykin G.A., Kondrashov A.S., Mugue N.S.
Fast Evolution from Precast Bricks: Genomics of Young Freshwater Populations of Threespine Stickleback Gasterosteus Aculeatus. PLoS Genetics 10(10): e1004696 (2014).
Фотоальбомы
Понедельник , 02.12.2019
Другие лаборатории и ученые
Лаборатория, принимающая организация
Область наук
Город
Приглашенный ученый
Период реализации проекта
Научно-производственный биотехнологический комплекс для проведения работ по изучению, сохранению и практическому применению культивируемых клеток и органов высших растений и микроводорослей

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт физиологии растений им. К.А. Тимирязева Российской академии наук

Биология

Москва

Пэк КиЙоп

Корея

2019-2021

Лаборатория клеточной физиологии и патологии

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Орловский государственный университет имени И.С. Тургенева"

Биология

Орел

Абрамов Андрей Юрьевич

Россия

2019-2021

Лаборатория эпигенетики

Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет»

Биология

Новосибирск

Сингх Прим

Великобритания

2018-2020