Мы используем cookie файлы.
Пользуясь сайтом, вы соглашаетесь с нашей Политикой конфиденциальности.

Приглашенный ученый О’Брайен Стефан Джеймс США
Номер договора
11.G34.31.0068
Период реализации проекта
2011-2015
21
Количество специалистов
154
научных публикаций
1
Объектов интеллектуальной собственности
Общая информация


Лаборатория занимается разработкой, тестированием и применением инновационных компьютерных программ для открытия генов болезней человека, аннотирования геномов позвоночных животных и их сравнения, а также внедрением научных разработок для улучшения общественного здоровья и окружающей среды.


Название проекта: Создание Лаборатории геномики и биоинформатики в СПбГУ по теме: «Биология. Биоинформатика. Биомедицинские технологии. Этика. Охрана природы»

Приоритет СНТР: а


Цели и задачи

Направления исследований: Биология, биоинформатика, биомедицинские технологии, этика, охрана природы

Цель проекта:

  • Создание Центра геномной биоинформатики в Санкт- Петербурге для междисциплинарных исследований (ученых в области генетики, математики, программировании и др.), а также для обучения студентов и стажеров
  • Разработка и внедрение инновационных компьютерных и биоинформатическх инструментов анализа, с применением новейших достижений генетики, биоинформатики и компьютерной биологии для сборки геномов живых организмов, их аннотации и обнаружения генов, с последующим внедрением полученных результатов в здравоохранение, сельское хозяйство и охрану природы


Практическое значение исследования
  • Разработана и внедрена информационная платформа GWATCH для визуализации и интерпретации результатов поиска генов на основе полногеномного анализа ассоциаций.
  • Запущен проект Санкт-Петербургского государственного университета «Российские геномы», в рамках которого было пока отсеквенировано 334 полных генома людей, проживающих в различных регионах Российской Федерации.
  • Создание отечественной биоинформационной базы данных на основе исследования генетического разнообразия российских популяций и генетической базы данных медицински значимых геномных вариантов в российских популяциях
  • Создана программа и база данных GMTV, предназначенная для каталогизации и анализа штаммов Mycobacterium tuberculosis на территории Российской Федерации.
  • Впервые были отсеквенированы, собраны и проаннотированы геномы нескольких видов растений, выявлены несколько генов, функция которых ассоциирована с различными типами полового и бесполого воспроизведения, проводятся дальнейшие геномные исследования регуляции размножения.
  • Собран банк биообразцов млекопитающих, обитающих на территории Российской Федерации.
  • Разработаны новые методы и инструменты анализа данных секвенирования геномов более 40 видов редких животных и растений, включая гепарда, африканского волка и высоко гетерозиготного растения Boechera.

Внедрение результатов исследования:

  1. Внедрена в сферу биоинформатики и генетики информационная платформа GWATCH, которая содержит инновационный набор интерактивных программ, автоматизирующих обнаружение и проверку вариантов генов, которые опосредуют устойчивость к хроническим заболеваниям человека. В этом смысле GWATCH представляет собой сложную, но удобную для пользователей вычислительную программу для просмотра геномных ассоциаций, подтверждения новых ассоциаций генов в явном виде и выявления важных влияний генов, которые до сих пор было трудно установить.
  2. Полученные результаты могут применяться при поиске генов, ассоциированных с заболеваниями, при мониторинге развития таких заболеваний, как СПИД и туберкулез, а также для развития эволюционной теории происхождения видов и биоинформатики как науки.

Образование и переподготовка кадров:

  • Разработан курс «Введение в биоинформатику» в Санкт-Петербургском государственном университете на русском языке для международной образовательной платформы Coursera.
  • Проведены семинары с привлечением специалистов из смежных областей.
  • Проведены консультации и стажировки в Лаборатории для студентов и сотрудников иногородних вузов.
  • Организованы стажировки сотрудников в Дальневосточном федеральном университете, Башкирском государственном университете (Россия).

Сотрудничество:

Смитсоновский университет (США), Гарвардский университет (США), Университет Дьюка в Северной Каролине (США), Федеральный университет Рио-Гранде-ду-Сул (Бразилия), Университет Претория (ЮАР), Университет Порту (Португалия), Цюрихский университет (Швейцария), Центрально-Европейский технологический институт (CEITEC), Университет Масарика (Чешская Республика), Индийский технологический институт, Мадрас (Индия), Пекинский университет (Китай): совместные исследования данных биоинформатического анализа, совместные публикации


Скрыть Показать полностью
Dobrynin P., Liu S., Tamazian G., Xiong Z., Yurchenko A.A., et al
Genomic Legacy of the African Cheetah, Acinonyx Jubatus. Genome Biology 16: 277 (2015).
Svitin A., Malov S., Cherkasov N., et al.
GWATCH: a Web Platform for Automated Gene Association Discovery Analysis. GigaScience 3(1): 18 (2014).
Tamazian T., Simonov S., Dobrynin P., et al.
Annotated Features of the Domestic Cat (Felis catus) Genome. GigaScience 3(13): 3 (2014).
Harper C.K, Ludwig A., Clarke A.B., et al.
Robust Forensic Matching of Confiscated Horns and Tissues to Individual Poached African Rhinoceros. Current Biology 28(1): R13–R14 (2018).
Koepfli K.P., Pollinger J., Robinson J., et al.
Genome-wide Evidence Reveals that African and Eurasian Golden Jackals Are Distinct Species. Current Biology 25(16): 2158–165 (2015)
Другие лаборатории и ученые
Лаборатория, принимающая организация
Область наук
Город
Приглашенный ученый
Период реализации проекта
Лаборатория молекулярной медицины

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии Российской академии наук

Медицинские биотехнологии

Санкт-Петербург

Пьячентини Мауро

Италия

2018-2020

Лаборатория системной медицины здорового старения

Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет имени Н. И. Лобачевского»

Медицинские биотехнологии

Нижний Новгород

Франчески Клаудио

Италия

2018-2020

Лаборатория молекулярной аллергологии

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства России

Медицинские биотехнологии

Москва

Валента Рудольф

Австрия

2018-2020