Мы используем cookie файлы.
Пользуясь сайтом, вы соглашаетесь с нашей Политикой конфиденциальности.

Приглашенный ученый Аравин Алексей Алексеевич Россия
Номер договора
14.W03.31.0007
Период реализации проекта
2017-2019
23
Количество специалистов
Общая информация

Ученые лаборатории изучают механизмы образования и функций некодирующих РНК у прокариот и эукариот. Короткие некодирующие РНК – важные компоненты геномов эукариот, которые участвуют в подавлении активности генов по механизмам РНК-интерференции (РНКи). РНКи является мощным инструментом для анализа функций генов в фундаментальных исследованиях и имеет большие перспективы применения в терапии заболеваний человека.

Название проекта: Молекулярные механизмы РНК-интерференции и защиты геномов у бактерий и эукариот

Приоритет СНТР: в


Цели и задачи

Направления исследований: Биогенез некодирующих РНК у эукариот, РНК-интерференция у бактерий, редактирование генома с использованием некодирующих РНК и белков-Аргонавтов

Цель проекта: Изучение природных функций систем РНК-интерференции и некодирующих РНК у бактерий и эукариот, а также разработка новых инструментов для геномной и эпигеномной инженерии на основе данных систем




Практическое значение исследования

Научные результаты:

  • Получены трансгенные линии дрозофилы с экспрессией белков процессинга РНК, содержащих аффинные метки, и отработана методика профилирования РНК-связывающих белков для анализа РНК-белковых взаимодействий.
  • Изучен новый геномный локус, ответственный за продукцию piРНК в мужских герминальных клетках дрозофилы. Показано, что данный локус способствует репродуктивной изоляции между близкородственными видами дрозофилы.
  • Получены линии клеток человека с интеграцией в геном баркодированных трансгенов, позволяющие исследовать взаимосвязь между структурой хроматина и экспрессией репортерных генов.
  • Проведен биоинформатический анализ бактериальных белков-Аргонавтов и ассоциированных с ними факторов, выполнена их классификация.
  • Создана коллекция природных бактерий, содержащих белки-Аргонавты различных классов, клонированы гены новых белков-Аргонавтов.
  • Показано, что бактериальные белки-Аргонавты являются ДНК-зависимыми ДНК-нуклеазами и способны с осуществлять разрезание ДНК-мишеней in vitro. Исследованы факторы, определяющие эффективность процессинга ДНК этими белками.
  • Проведен анализ библиотек коротких ДНК, ассоциированных с белками-Аргонавтами в клетках бактерий, изучены факторы, определяющие специфичность процессинга ДНК этими белками.
  • Разработаны экспериментальные подходы для анализа специфичности действия белков-Аргонавтов in vivo и изучения их роли в защите клеток бактерий от мобильных генетических элементов и бактериофагов
  • Проведена экспрессия бактериальных белков-Аргонавтов в эукариотических клетках, получены оптимизированные варианты Аргонавтов в целях их использования для геномного редактирования.

Образование и переподготовка кадров:

  • Проведено обучение сотрудников и аспирантов Лаборатории новым методам исследований в ходе их командировок в Калифорнийский технологический институт (США).
  • В организацию принято 5 аспирантов (1 и 2 года обучения).

Сотрудничество:

  • Калифорнийский технологический университет (США): совместные исследования, стажировки аспирантов и молодых ученых
  • Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Dinshaw Patel) (США), Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Ravi Sachidanandam) (США), Лаборатория клеточного деления Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН (Россия): совместные исследования


Скрыть Показать полностью
Lisitskaya L, Aravin A.A., Kulbachinskiy A.
DNA interference and beyond: structure and functions of prokaryotic Argonaute proteins. Nature Communications 9(1): 5165 (2018).
Ryazansky S., Kulbachinskiy A., Aravin A.A.
The Expanded Universe of Prokaryotic Argonaute Proteins. MBio 9(6): e01935-18 (2018).
Pupov A., Ignatov A., Agapov A., Kulbachinskiy A.
Distinct effects of DNA lesions on RNA synthesis by Escherichia coli RNA polymerase. Biochemical and Biophysical Research Communications 510(1): 122-127 (2019).
Kotov A.A., Adashev V.E., Godneeva B.K., Ninova M., Shatskikh A.S., Bazylev S.S., Aravin A.A., Olenina L.V
piRNA silencing contributes to interspecies hybrid sterility and reproductive isolation in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Research, gkz130 (2019).
Mindlin S., Kudinova A., Mardanov A., Petrova M.
Adaptive dif modules in permafrost strains of Acinetobacter lwoffii and their distribution and abundance among present day Acinetobacter strains. Frontiers in Microbiology, 29 March 2019.
Другие лаборатории и ученые
Лаборатория, принимающая организация
Область наук
Город
Приглашенный ученый
Период реализации проекта
Научно-производственный биотехнологический комплекс для проведения работ по изучению, сохранению и практическому применению культивируемых клеток и органов высших растений и микроводорослей

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт физиологии растений им. К.А. Тимирязева Российской академии наук

Биология

Москва

Пэк КиЙоп

Корея

2019-2021

Лаборатория клеточной физиологии и патологии

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Орловский государственный университет имени И.С. Тургенева"

Биология

Орел

Абрамов Андрей Юрьевич

Россия

2019-2021

Лаборатория эпигенетики

Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет»

Биология

Новосибирск

Сингх Прим

Великобритания

2018-2020