МЕГАГРАНТЫ

Лаборатория алгоритмической биологии

О лаборатории

Наименование проекта Вычислительная протеомика

Ссылка на официальный сайт

№ договора:
11.G34.31.0018

Наименование ВУЗа:
Санкт-Петербургский Академический университет - научно-образовательный центр нанотехнологий РАН

Область научных исследований:
Информационные технологии и вычислительные системы

Цель проекта:
Решение важнейших алгоритмических и вычислительных задач современной биомедицины

Основные задачи проекта:
1. Разработка нового подхода к секвенированию и сборке геномов и его применение в персональной геномике;
2. Разработка нового подхода к идентификации и секвенированию белков/антител/антибиотиков и его применение в биотехнологии.

Ведущий учёный

vu mini 18 

ФИО: Певзнер Павел Аркадьевич

 

Ученые степени:
Кандидат физико-математических наук, доктор философии.

Занимаемые должности:
Профессор имени Рональда Р. Тейлора по информатике
Профессор Медицинского института Говарда Хью
Директор Программы последипломного образования в области биоинформатики и системной биологии Калифорнийского университета в Сан-Диего
Директор Центра вычислительной масс-спектрометрии Национального института здоровья США

Области научных интересов:
1. Вычислительная биология.
2. Биомедицина.

Научное признание:
- Действительный член Ассоциации вычислительной техники
- Действительный член Международного общества вычислительной биологии
- Почетная ученая степень университета имени Саймона Фрейзера (Канада)

Награды и премии:

2006 год — премия Медицинского института Говарда Хьюза в 1 000 000 долларов США за внедрение современных методов обучения.
2007 год — премия Калифорнийского университета в Сан-Диего за исследовательские достижения.
2010 год — премия Международной Ассоциации вычислительной техники за вклад в создание алгоритмов расчета генома.
2017 год - профессиональная награда Международного общества вычислительной биологии (ISCB) The Accomplishments by a Senior Scientist Award

По состоянию на июль 2017 года его индекс Хирша равен 80

Павел Певзнер является автором около 200 статей в высокорейтинговых научных журналах. Профессор Певзнер является не только признанным лидером в области алгоритмической геномики и протеомики, но и новатором в образовательной сфере — именно он первым применил метод «перевернутого класса» в процессе обучения биоинформатике.

Competencies: a cure for pre-med curriculum. Аnderson WA, Amasino RM, Ares M Jr, Banerjee U, Bartel B, Corces VG, Drennan CL, Elgin SC, Epstein IR, Fanning E, Guillette LJ Jr, Handelsman J, Hatfull GF, Hoy RR, Kelley D, Leinwand LA, Losick R, Lu Y, Lynn DG, Neuhauser C, O'Dowd DK, Olivera T, Pevzner P, Richards-Kortum RR, Rine J, Sah RL, Strobel SA, Walker GC, Walt DR, Warner IM, Wessler S, Willard HF, Zare RN. Science. 2011 Nov 11;334(6057):760-1.

How to apply de Bruijn graphs to genome assembly. Compeau PE, Pevzner PA, Tesler G. Nat Biotechnol. 2011 Nov 8;29(11):987-91. doi: 10.1038/nbt.2023.

Multiplex de novo sequencing of peptide antibiotics. Mohimani H, Liu WT, Yang YL, Gaudêncio SP, Fenical W, Дorrestein PC, Pevzner PA. J Comput Biol. 2011 Nov;18(11):1371-81. Epub 2011 Oct 28.

Protein identification using top-down spectra. Liu X, Sirotkin Y, Shen Y, Anderson G, Tsai YS, Ting YS, Goodlett DR, Smith RD, Bafna V, Pevzner PA. Mol Cell Proteomics. 2011 Oct 25. [Epub ahead of print].

Paired de bruijn graphs: a novel approach for ncorporating mate pair information into genome assemblers. Medvedev P, Pham S, Chaisson M, Tesler G, Pevzner P. J Comput Biol. 2011 Nov;18(11):1625-34. Epub 2011 Oct 14.

Target-decoy approach and false discovery rate: when things may go wrong. Gupta N, Bandeira N, Keich U, Pevzner PA. J Am Soc Mass Spectrom. 2011 Jul;22(7):1111-20. Epub 2011 May 5.

Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets.Chitsaz H, Yee-Greenbaum JL, Tesler G, Lombardo MJ, Dupont CL, Badger JH, Novotny M, Rusch DB, Fraser LJ, Gormley NA, Schulz-Trieglaff O, Smith GP, Evers DJ, Pevzner PA, Lasken RS. Nat Biotechnol. 2011 Sep 18;29(10):915-21. doi: 10.1038/nbt.1966.

Cycloquest: identification of cyclopeptides via database search of their mass spectra against genome databases. Mohimani H, Liu WT, Mylne JS, Poth AG, Colgrave ML, Tran D, Selsted ME, Dorrestein PC, Pevzner PA. J Proteome Res. 2011 Oct 7;10(10):4505-12. Epub 2011 Sep 7. Erratum in: J Proteome Res. 2011 Dec 2;10(12):5575.

Sequencing cyclic peptides by multistage mass spectrometry. Mohimani H, Yang YL, Liu WT, Hsieh PW, Dorrestein PC, Pevzner PA. Proteomics. 2011 Sep;11(18):3642-50. doi: 10.1002/pmic.201000697. Epub 2011 Aug 9.

Error correction of high-throughput sequencing datasets with non-uniform coverage. Medvedev P, Scott E, Kakaradov B, Pevzner P. Bioinformatics. 2011 Jul 1;27(13):i137-41.

Spectral archives: extending spectral libraries to analyze both identified and unidentified spectra. Frank AM, Monroe ME, Shah AR, Carver JJ, Bandeira N, Moore RJ, Anderson GA, Smith RD, Pevzner PA. Nat Methods. 2011 May 15;8(7):587-91. doi: 10.1038/nmeth.1609.

Preface: 2nd Satellite Meeting on Bioinformatics Education, Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-BE 2010). Pevzner PA, Shamir R. J Comput Biol. 2011 Jul;18(7):865. Epub 2011 May 12.

Single cell genome amplification accelerates identification of the apratoxin biosynthetic pathway from a complex microbial assemblage. Grindberg RV, Ishoey T, Brinza D, Esquenazi E, Coates RC, Liu WT, Gerwick L, Dorrestein PC, Pevzner P, Lasken R, Gerwick WH. PLoS One. 2011 Apr 12;6(4):e18565.

Cytotoxic veraguamides, alkynyl bromide-containing cyclic depsipeptides from the marine cyanobacterium cf. Oscillatoria margaritifera. Mevers E, Liu WT, Engene N, Mohimani H, Byrum T, Pevzner PA, Dorrestein PC, Spadafora C, Gerwick WH. J Nat Prod. 2011 May 27;74(5):928-36. Epub 2011 Apr 13.

Gapped spectral dictionaries and their applications for database searches of tandem mass spectra. Jeong K, Kim S, Bandeira N, Pevzner PA. Mol Cell Proteomics. 2011 Jun;10(6):M110.002220. Epub 2011 Mar 28.

Blocked Pattern Matching Problem and Its Applications in Proteomics. Julio Ng, Amihood Amir, Pavel A. Pevzner. RECOMB 2011. 298-319.

Результаты исследований

  • Kira VyatkinaSi Wu, Lennard J. M. Dekker, Martijn M. Vanduijn, Xiaowen Liu, Nikola Tolić, Mikhail DvorkinSonya AlexandrovaTheo M. Luider, Ljiljana Paša-Tolić, and Pavel A. PevznerDe Novo Sequencing of Peptides from Top-Down Tandem Mass Spectra. Journal of Proteome Research, DOI: 10.1021/pr501244v, September 28, 2015. [Epub ahead of Print.]
  • Xiaowen Liu, Lennard J. M. Dekker, Si Wu, Martijn M. Vanduijn, Theo M. Luider, Nikola Tolić, Qiang Kou, Mikhail Dvorkin, Sonya Alexandrova, Kira Vyatkina, Ljiljana Paša-Tolić, and Pavel A. Pevzner. De Novo Protein Sequencing by Combining Top-Down and Bottom-Up Tandem Mass Spectra. Journal of Proteome Research, 13(7):3241-3248, 2014. 
  • Andrey  D. Prjibelski, Irina Vasilinetc, Anton Bankevich, Alexey Gurevich, Tatiana Krivosheeva, Sergey Nurk, Son Pham, Anton Korobeynikov, Alla Lapidus and Pavel A. Pevzner. ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly. Bioinformatics (2014) 30 (12): i293-i301. doi: 10.1093/bioinformatics/btu266

  • Ivan Terterov, Kira VyatkinaVitali Boitsov, Sergey Vyazmin, Igor Popov, Alexey Kononikhin, Eugene Nikolaev, Pavel Pevzner, and Michael Dubina. Application of de novo sequencing tools to study abiogenic peptides formation by MS/MS. The case of homo-peptides from glutamic acid complicated by substitutions of hydrogen by sodium or potassium atoms. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 28(1):33-41, 15 Jan. 2014.

  • Natalie Castellana, Andrey Lushnikov, Piotr Rotkiewicz, Natasha Sefcovic, Pavel A. Pevzner, and Adam Gozdik, Kira Vyatkina. MORPH-PRO: a novel algorithm and web server for protein morphing. Algorithms for Molecular Biology 8: 19 (2013) (invited paper following WABI 2012) doi:10.1186/1748-7188-8-19
  • Alexey Gurevich, Vladislav Saveliev, Nikolay Vyahhi, and Glenn Tesler. QUAST: Quality Assessment Tool for Genome Asssemblies. Bioinformatics (2013). doi:10.1093/bioinformatics/btt086

  • Anton Bankevich, Sergey Nurk, Dmitry Antipov, Alexey A. Gurevich, Mikhail Dvorkin, Alexander S. Kulikov, Valery M. Lesin, Sergey I. Nikolenko, Son Pham, Andrey D. Prjibelski, Alexey V. Pyshkin, Alexander V. Sirotkin, Nikolay Vyahhi, Glenn Tesler, Max A. Alekseyev, and Pavel A. Pevzner. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing. Journal of Computational Biology 19(5) (2012), 455-477. doi:10.1089/cmb.2012.0021

  • Son K. Pham, Dmitry Antipov, Alexander Sirotkin, Glenn Tesler, Pavel A. Pevzner, and Max A. Alekseyev. Pathset Graphs: A Novel Approach for Comprehensive Utilization of Paired Reads in Genome Assembly. Journal of Computational Biology (2012). doi:10.1089/cmb.2012.0098

  • EA Monroe, H Choi, V LesinA SirotkinM DvorkinP Pevzner, WH Gerwick, L Gerwick. Genomic insights into secondary metabolism of the natural product-rich cyanobacterium Moorea bouillonii. Planta Med 2012; 78 - CL52 doi:10.1055/s-0032-1320287

 

Back to top